《瘟疫辨论》是清代马印麟撰写的一本温病类中医文献，一卷，刊于清康熙四十九年（1710）。
本书对瘟疫的病因、病机、病证及治疗方药进行了全面论述，其学术思想与清吴有性之《瘟疫论》一脉相承，论述亦大致相同。
现存清康熙四十九年张廷璧校刻本、咸丰九年（1895）聚奎堂刻本。